藥學部是一個負責藥品供應、藥學專業技術服務和藥事管理工作的綜合性科室，主要開展以病人為中心、以臨床藥學為基礎、以合理用藥為核心的全程化藥學服務工作。

藥學部目前設有綜合辦、質控辦、中心藥庫、門診藥房、急診藥房、住院藥房、麻醉手術室中心藥房、靜配中心、藥事管理、臨床藥學及藥物臨床試驗機構共11個部門。現有人員103人，其中藥學技術人員86人，工勤人員7人，護理人員10人。主任藥師2人，副主任藥師1人，主管藥師27人。獲碩士學位者16人。擁有臨床藥師執業資格14人（專科11人，通科3人），具備國家臨床藥師帶教資格3人。

藥學部建立了完善的藥品采購供應鏈，配有直發發藥機2臺，高發發藥機2臺，自動包藥機2臺，智能麻醉、精神藥品柜3臺，智能存取柜5臺，自助發藥機1臺，全面保障醫院日常醫療流程的中西藥品供應；臨床藥師以藥學實踐為基礎，專業涵蓋呼吸，抗感染，心血管，抗腫瘤，神經內科，消化、抗凝、腸外腸內營養等8個臨床方向，致力于提高藥物治療水平，保障患者用藥安全有效；藥事管理建立陜西首家以“處方前置審核”為基礎的臨床用藥干預體系，促進合理用藥；靜脈用藥配置中心參考了國內先進的大型靜配中心設計思路，整體設計以工作效率最大化為中心原則，配備智能化工作設備，嚴格按照標準操作程序進行全靜脈營養、細胞毒性藥物和抗生素等靜脈藥物的配置，確保靜脈用藥安全；藥物臨床試驗機構具有全面、詳細的文件管理體系，配備充分的設施、技術力量以及標準化的操作規程，保證藥物臨床試驗工作的科學性和規范性，保障受試者的權益與安全。